Der neu ernannte Kommissionspräsident José Manuel Durão Barroso hatte die Aufgabe, in Zusammenarbeit mit den nationalen Regierungen der Mitgliedstaaten die Kommissare zu benennen. Während einer Anhörung mussten die designierten Kommissare den EU-Parlamentariern Rede und Antwort stehen, denn die Volksvertreter haben bei der Wahl der Kommissionsmitglieder das letzte Wort.
Im Vorfeld war Kritik an einzelnen Kandidaten geübt worden, was Kommissionspräsident Barroso dazu veranlasste, die Abstimmung zu verschieben und eine neue Besetzung zur Wahl zu stellen. Am 18.11.2004 fand die Abstimmung über die erstmals 25köpfige EU-Kommission statt: 556 der 732 Abgeordneten stimmten für die Einsetzung der neuen Kommission. 149 Abgeordnete votierten dagegen.